プロローグ

幼い頃に事故で両親を失い、親族に引き取られて校外へ移り住んでいた主人公。

彼は、家庭の事情で高校を移る事になり、10年ぶりにかつて居た街を訪れる事になる。

だが彼は、入居した学生寮が怪物の急襲を受けた事で、図らずもペルソナを覚醒する

その能力を見込まれる形で、同じくペルソナ能力を持つ仲間たちから、世界の裏に横たわる真実について知らされることになる。　

世界の真実――1日と1日の狭間に隠された時間が存在すること。

そこに棲むシャドウと呼ばれる怪物。

そしてシャドウが精神を食らうことによって、人間が次々と口も利けないほどの無気力状態にされていまう真実。

実は、舞台となる"私立・月光館学園"の裏には、学園理事長である幾月修司の管理の下、ペルソナ能力者を1つの学生寮で集める形で特別課外活動部が結成されていた。

目的は「シャドウの被害から人々を守ること」。

主人公はその一員として戦いに参加していく事になる。